Membedakan hamster sering kali sulit, khususnya pada waktu mereka masih muda.
Syrian jantan biasanya lebih terlihat jelas, Pada waktu mereka berumur 4 minggu, buah zakar(testikel) mereka akan jelas terlihat dibelakang bawah.
Dwarf jantan juga mempunyai buah zakar, tetapi tidak begitu terlihat jelas seperti hamster syrian. Juga hamster dwarf memiliki kelenjar bau (scent) dekat user (tengah). Semua hamster jantan dapat menarik buah zakar sampai ke dalam perut (abdomen)nya
Syrian betina, terutama pada rambut pendek, anda dapat melihat puting susunya. Ada dua baris puting susu yang terletak secara paralel pada setiap sisi perutnya. Dwarf betina juga memilikinya tetapi lebih kecil dan juga lebih sukar dilihat.
Cara termudah untuk menentukan apakah hamster itu betina atau jantan adalah dengan melihat jarak antara dua lubang di bagian belakangnya. Ini semua sama untuk semua hamster, jantan atau betina.
Pada hamster jantan jarak antara lubang anus dan lubang penis lebih jauh.
Pada hamster betina, jarak antara lubang anus dan lubang vagina lebih dekat dibanding dengan yang jantan.
Untuk lebih jelasnya dapat dilihat gambar berikut :