Walaupun tidak berakibat fatal, Penyakit / Gangguan Kesehatan harus tetap diwaspadai. Tanda-tanda Itik / Bebek sakit, is menolak makan, tidak bersuara, gerakannya lamban atau pasif. Contoh Penyakit / Gangguan Kesehatan Itik / Bebek antara lain berak kapur. Ditandai kotoran Itik / Bebek berwarna hijau dengan bercak putih. Penyakit / Gangguan Kesehatan ini diduga karena bakteri Salmonella typhimurium. Pengobatan yang dianjurkan memberikan Nitrofurans, Sulfa, atau antibiotik lainnya. Salah satunya dengan mencampur pakan dengan Furazolidon 0,0011%.
Penyakit / Gangguan Kesehatan yang sering dijumpai adalah kelumpuhan karena kualitas pakan buruk atau kadaluwarsa, Itik / Bebek makan bangkai, dan terlalu banyak berada di tanah becek. Cara tradisional mengatasi Itik / Bebek lumpuh, telankan butiran es batu. Dianjurkan tidak memberikan pakan nabati berjamur, seperti jagung dan bungkil yang sudah lama. Pakan kadaluwarsa itu mengandung Aspergillasis flavus yang dapat meracuni Kati sehingga menyebabkan kelumpuhan.
Penyakit / Gangguan Kesehatan lain yang pernah dijumpai peternak di Mojosari, adanya sejenis cacing yang menempel di tenggorokan. Cara menanggulanginya dengan mencabut cacing yang menempel dengan pinset. Setelah itu diberikan obat Tetrachlor.
Gejala serangan Itik / Bebek, tidak mau makan dan tidak bersuara. Kadangkala Itik / Bebek tidak nafsu makan. Resep yang ditawarkan peternak Itik / Bebek di Tegal, 200 lembar daun mengkudu, 10 lembar daun pepaya, dan 1 kg temuireng ditumbuk. Air hasil rebusan bahan itu dicampurkan dalam ransum pakan. Kasus keracunan karena pakan basi atau bangkai bisa diatasi juga dengan jamu asam dan gula. Beberapa aditif yang dapat ditambahkan dalam air minum Itik / Bebek antara lain Calgophus untuk mencegah defisiensi mineral dan trace elemen lainnya dan Vitamin untuk menambah vitamin.
